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Estimación de las relaciones de parentesco realizadas entre medio - hermanos con distintos métodos

Ubicación: T.G.575 GAR
Por: García Baccino, Carolina Andrea.
Colaborador(es): Cantet, Rodolfo Juan Carlos [dir.] | Munilla Leguizamón, Sebastián [cons.].
Publicación: 2017Descripción: 89 p. tbls., grafs.Tipo de material: Tesis de posgrado de lectura en biblioteca. Recurso electrónico.Tema(s): GENETICA | DISTANCIA GENETICA | COVARIANZA GENETICA | METODOS DE MEJORAMIENTO GENETICO | SELECCIONT20190401 Recursos en línea: Haga clic para acceso en línea Nota de tesis: Tesis. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomía. Escuela para Graduados. Magister de la Universidad de Buenos Aires área Biometría y Mejoramiento. Maestría en Biometría y Mejoramiento. 2017. Resumen: Las relaciones genómicas calculadas empleando la información de marcadores moleculares miden la proporción real del genoma compartida de manera “idéntica por descendencia” (PIBD), entre dos individuos. Existen diversos métodos para estimar las relaciones de parentesco realizadas (GWR). En este trabajo se compararon los desempeños de cuatro métodos sobre la base de las distribuciones empíricas de las GWR estimadas, con 6704 parejas de medio-hermanos de una población de cerdos cruza. Tres de esas metodologías emplean información genómica y genealógica (siguiendo un enfoque IBD) para estimar las GWR y el restante utiliza solo datos genómicos (IBS). Dentro del primer grupo, uno de los métodos que estima las probabilidades de transmisión de segmentos cromosómicos de padres a hijos y toma en cuenta los bloques de ligamiento, mostró la distribución empírica de las GWR más cercana a la teórica esperada, seguido de aquél que emplea un modelo oculto de Markov y tiene en cuenta el desequilibrio de ligamiento (LD). El tercer método dentro de este grupo, no toma en cuenta el LD y generó distribuciones empíricas alejadas de la esperada, especialmente en términos del desvío standard (SD). Los cambios en la cantidad de información genómica afectaron sólo a los dos últimos métodos. Por otra parte, el procedimiento que sigue un enfoque IBS generó distribuciones empíricas de GWR cuya media y SD fueron superiores a los valores teóricos esperados, y el valor de la media se vio afectado al emplear diferentes cantidades de datos genómicos. Los resultados obtenidos reflejan un desempeño cercano al teórico esperado por parte de los métodos IBD que combinan genealogía e información molecular, destacándose aquellos que consideran el LD. Concretamente, el método que estima las probabilidades de transmisión de padres a hijos fue el que produjo las distribuciones empíricas de las GWR entre medio-hermanos más cercanas a la teórica esperada, incluso ante variaciones en la cantidad de información genómica disponible.
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Tipo de ítem Ubicación actual Signatura Estado Fecha de vencimiento
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Facultad de Agronomía - Universidad de Buenos Aires

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T.G.575 GAR (Navegar estantería) Disponible

Tesis. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomía. Escuela para Graduados. Magister de la Universidad de Buenos Aires área Biometría y Mejoramiento. Maestría en Biometría y Mejoramiento. 2017.

Las relaciones genómicas calculadas empleando la información de marcadores moleculares miden la proporción real del genoma compartida de manera “idéntica por descendencia” (PIBD), entre dos individuos. Existen diversos métodos para estimar las relaciones de parentesco realizadas (GWR). En este trabajo se compararon los desempeños de cuatro métodos sobre la base de las distribuciones empíricas de las GWR estimadas, con 6704 parejas de medio-hermanos de una población de cerdos cruza. Tres de esas metodologías emplean información genómica y genealógica (siguiendo un enfoque IBD) para estimar las GWR y el restante utiliza solo datos genómicos (IBS). Dentro del primer grupo, uno de los métodos que estima las probabilidades de transmisión de segmentos cromosómicos de padres a hijos y toma en cuenta los bloques de ligamiento, mostró la distribución empírica de las GWR más cercana a la teórica esperada, seguido de aquél que emplea un modelo oculto de Markov y tiene en cuenta el desequilibrio de ligamiento (LD). El tercer método dentro de este grupo, no toma en cuenta el LD y generó distribuciones empíricas alejadas de la esperada, especialmente en términos del desvío standard (SD). Los cambios en la cantidad de información genómica afectaron sólo a los dos últimos métodos. Por otra parte, el procedimiento que sigue un enfoque IBS generó distribuciones empíricas de GWR cuya media y SD fueron superiores a los valores teóricos esperados, y el valor de la media se vio afectado al emplear diferentes cantidades de datos genómicos. Los resultados obtenidos reflejan un desempeño cercano al teórico esperado por parte de los métodos IBD que combinan genealogía e información molecular, destacándose aquellos que consideran el LD. Concretamente, el método que estima las probabilidades de transmisión de padres a hijos fue el que produjo las distribuciones empíricas de las GWR entre medio-hermanos más cercanas a la teórica esperada, incluso ante variaciones en la cantidad de información genómica disponible.

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